Ідея про створення єдиної системи реєстрації товарних знаків на території МС була озвучена більше двох років тому у зв'язку з відмінностями в системах правового захисту об'єктів інтелектуальної власності в Казахстані, Росії та Білорусі. Склалася ситуація, коли виробники повинні спочатку зареєструвати свій товарний знак в єдиному реєстрі своєї країни, а після цього подати заявку про його включення в аналогічні митні реєстри інших країн МС.

У європейських країнах існує єдина реєстрація товарних знаків, але при цьому там також функціонує єдина система митного контролю. У митних служб країн МС рівноцінних повноважень немає, що істотно ускладнює ситуацію. Крім того, установчі документи  МС мають недоробки, що стосуються цієї сфери.

В даний час країни Митного союзу: Росія, Білорусь і Казахстан підготували проект міжнародної угоди про впровадження єдиної системи реєстрації товарних знаків на території ЄЕП.

Згідно з проектом документа, заявник зможе зареєструвати товарний знак, подавши відповідну заяву в патентне відомство однієї з країн ЄЕП. При цьому правовласник отримає ефективний механізм захисту своїх авторських прав на території всіх трьох країн. Йому не доведеться звертатися до держорганів з метою підтвердження своїх прав у кожній країні окремо. Планується також, що нова міжнародна система буде функціонувати разом з національними, хоча механізми реалізації цього завдання поки не розроблені.